合理的系統配置，不但能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）的正常運行，也可以避免不合理的投資。一般來說短程蒸餾器（分子蒸餾）的操作真空要求較高，因此在進入短程蒸餾器（分子蒸餾）之前，要把物料中對短程蒸餾（分子蒸餾）的真空度產生影響的輕組份（不凝性氣體，低沸點殘留部分）先脫去。實踐證明刮板式薄膜蒸發器是合適的預脫裝置，選擇合適的刮板式薄膜蒸發器能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）在高真空狀態的正常運行。